勤怠管理システムの導入に使える補助金・助成金｜制度概要や対象者、支給額などを解説

勤怠管理システムの導入に使える補助金・助成金は2種類

勤怠管理システムの導入に活用できる補助金・助成金は、以下の2種類です。

• IT導入補助金
• 働き方改革推進支援助成金

「IT導入補助金」はITツールの導入を補助する制度、「働き方改革推進支援助成金」は働き方改革に向けた環境整備の費用を助成することを目的とした制度であり、いずれも勤怠管理システムが支援対象に含まれます。
次項からは、それぞれの制度の詳細について解説します。
※制度に関する情報は、2025年7月時点のものです。

IT導入補助金

IT導入補助金は、業務効率化やDX（デジタルトランスフォーメーション）化などによる労働生産性の向上を目的に、ITツールを導入する企業を支援する制度です。各種ソフトウェアやサービスのほか、導入に向けたサポート費用や、クラウドサービスの利用料なども補助対象となります。

ただし、申請できるITツールは、IT導入補助金事務局の審査に通ったもののみです。対象となるITツールは、IT導入補助金の公式ホームページで確認できます。

制度の対象事業者

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者などを対象とした補助金です。業種や組織形態ごとに資本金、従業員数の要件が設けられています。ここでは、IT導入補助金の公式ホームページから、一部業種・組織形態のおもな要件を紹介します。

※参考：申請の対象となる方｜IT導入補助金2025

申請枠

IT導入補助金には、5つの申請枠が設けられています。

※参考：IT導入補助金制度概要｜IT導入補助金2025

勤怠管理システムを導入する場合、申請枠は通常枠です。補助率は通常2分の1（一定要件を満たす事業者は3分の2）で、補助金額はITツールが保有する業務プロセスによって異なります。

申請フロー

IT導入補助金の申請フローは、以下のとおりです。

1. 申請要件などを確認する
2. GビズIDプライムアカウントを取得する
3. 独立行政法人情報処理推進機構（IPA）の「SECURITY ACTION」を宣言する
4. IT導入支援事業者とITツールを選定する
5. 交付申請をする

交付が決定したら勤怠管理システムを導入し、事業実績報告を行います。その後、確定検査を経て補助金額が決定します。最後に事業実施効果報告を提出して、手続きは完了です。

IT導入支援事業者

IT導入支援事業者とは、生産性向上のためにITツールを導入する中小企業や小規模事業者などを支援する専門事業者です。

IT導入補助金を利用するためには、こちらの制度に基づいて登録された事業者のなかから、IT導入支援事業者を選定する必要があります。補助金の申請手続きにおいても、IT導入支援事業者と相談しながら事業計画を策定し、共同で交付申請を進めます。

働き方改革推進支援助成金

働き方改革推進支援助成金は、中小企業や小規模事業者における労働時間の改善を目的とした制度です。

業務の生産性向上を図りながら、労働時間の短縮や有給休暇の取得促進などを目指す事業者に対して、環境整備の取り組みにかかった費用の一部を助成しています。申請枠によっては、傘下企業の取り組みを支援する事業主団体も助成対象です。

制度の対象事業者

働き方改革推進支援助成金に申請するための条件は、後述する申請枠により異なります。例えば、「労働時間短縮・年休促進支援コース」の申請要件は以下のとおりです。

• 労働者災害補償保険の適用事業主である
• 交付申請時点で、選択した成果目標に設定されている要件を満たしている
• 交付申請時点で、全ての対象事業場において年5日の年次有給休暇の取得に向けて就業規則などを整備している
• 以下の資本金、従業員数の要件を満たしている

支給対象となる取り組み

働き方改革推進支援助成金を利用する事業者は、各申請枠ごとに指定された取り組みを1つ以上実施し、成果目標を設定しなければなりません。例えば、「労働時間短縮・年休促進支援コース」の取り組みには、以下のようなものがあります。

• 労務管理担当者に対する研修
• 労働者に対する研修、周知・啓発
• 外部専門家（社会保険労務士、中小企業診断士など） によるコンサルティング
• 就業規則・労使協定等の作成・変更
• 労務管理用ソフトウェアの導入・更新　など

※参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）｜厚生労働省

申請枠

働き方改革推進支援助成金の申請枠のうち、事業主団体を対象としたコースを除いた3つの申請枠について解説します。

労働時間短縮・年休促進支援コース

中小企業の労働環境の改善を目的に、時間外労働の削減や年次有給休暇・特別休暇の取得促進に取り組む事業者を対象としたコースです。
支給額は次のいずれか、金額が低い方となります。

• 成果目標の上限額および賃金加算額の合計額
• 対象経費の合計額×補助率（4分の3）

成果目標の上限額については、下記のページからご確認ください。
※参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）｜厚生労働省

勤務間インターバル導入コース

勤務間インターバルとは、勤務終了後から次の勤務までに一定時間以上の休息時間（インターバル時間）を設ける制度です。このコースでは、「9時間以上11時間未満」または「11時間以上」の勤務間インターバルの導入・定着を図る事業者が対象となります。
支給額は成果目標の達成状況によって異なり、賃金額の引上げを成果目標に加えない場合は50万〜120万円です。
※参考：働き方改革推進支援助成金（勤務間インターバル導入コース）｜厚生労働省

業種別課題対応コース

建設業や運送業、病院などの特定の業種を対象に、時間外労働の削減や週休2日制の推進、医師の働き方改革推進などに取り組む事業者を支援するコースです。おもに「時間外労働の上限規制」の猶予期間が設けられていた業種を対象としており、それぞれの業種における課題解消を支援します。
支給額は次のいずれか、金額が低い方となります。

• 成果目標の上限額および賃金加算額の合計額
• 対象経費の合計額×補助率（4分の3）

成果目標の上限額については、下記のページからご確認ください。
※参考：働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）｜厚生労働省

申請フロー

働き方改革推進支援助成金を申請する場合は、交付申請書を都道府県労働局に提出します。
申請後、交付が決定したら勤怠管理システムの導入などの取り組みを実施し、支給申請書を都道府県労働局に提出しましょう。都道府県労働局による審査を経て交付が決定すると、助成金を受け取れます。

勤怠管理システムの導入に補助金・助成金を利用する場合の注意点

補助金や助成金は申請したらすぐに受け取れるものではなく、後払いが原則です。まずは自費で勤怠管理システムを導入したあと、取り組みによる効果や成果を報告し、目的を達成したことを認められると支給されます。

そのため、単にシステムを導入するだけでなく、労働生産性の向上や時間外労働の削減といった明確な目的をもった計画をあらかじめ立てることが求められます。
さらに、補助金・助成金には募集期間があり、申請期限も年度ごとに設定されています。制度ごとの要件やスケジュールを事前に確認した上で、計画的に進めることが重要です。

勤怠管理システムの費用対効果を高める方法

勤怠管理システムの導入にあたっては、補助金や助成金を活用してコストの負担を軽減することも重要ですが、それと同時に「導入によって得られる費用対効果をいかに高めるか」という視点も重要です。

費用対効果を最大化するには、システムを活用しやすい環境を整えることが基本です。従業員に対して運用ルールや目的をしっかり共有し、トラブルが発生した際に速やかに対応できる体制を整備しましょう。

また、勤怠管理システムと他の業務システムを連携させることも、費用対効果を高める有効な手段です。たとえば給与計算システムと連携すれば、勤怠データの自動連携によって転記作業や確認作業の手間が大幅に減り、人的コストやミスによる損失を削減できます。

まとめ

補助金・助成金制度を活用すれば、勤怠管理システムの導入コストを削減できます。それぞれの応募要項をよく読み、申請要件を満たしていることを確認した上で交付申請を行いましょう。
勤怠管理システムの導入を検討するなら、タッチオンタイムをおすすめします。タッチオンタイムは、IT導入補助金の対象であり、市場シェアNo.1※の実績を誇るクラウド型の勤怠管理システムです。
初期費用がかからず、月額300円／人から利用を始められるため、コスト面のハードルを抑えながら導入できます。詳細は以下のリンクからご確認ください。
※2023年 富士キメラ総研調べ 勤怠管理SaaS市場 利用ID数