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クリニックの労務管理における注意点|よくあるトラブルの原因や対策を解説

タッチオンタイムの紹介

公開日:2026年11月13日

こんにちは。シェアNo.1クラウド勤怠管理システム「タッチオンタイム」のコラムチームです。

クリニックでは、診療や患者対応を優先するあまり、勤怠や有給休暇の管理、就業規則の整備などの労務管理が後回しになりがちです。しかし、労務管理が不十分な状態では、さまざまなトラブルが発生し、スタッフの離職や経営リスクにつながるおそれがあります。

今回は、クリニックで起こりやすい人事・労務問題やその原因、トラブルを防ぐためにできる対策を解説します。

この記事でわかること・解決できること
  • クリニックで起こりやすい人事・労務トラブルの具体例
  • 労務管理の問題が発生する主な原因と背景
  • 就業規則の整備やハラスメント対策などの改善方法
  • 勤怠管理の仕組み化とシステム導入による効率化

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クリニック経営で起こりやすい人事・労務に関する問題

クリニックではさまざまな職種のスタッフが就業している上、規模によっては院長が経営と労務管理を兼任しているケースも少なくありません。そのため、就業規則や勤怠管理、残業代の取り扱いなどが曖昧になりやすく、思わぬ労務トラブルへ発展することがあります。まずは、クリニックで特に発生しやすい人事・労務上の問題を認識しましょう。

就業規則が作成されていない

就業規則が整備されていないクリニックでは、勤務時間・休暇・残業・退職手続きなどのルールが曖昧になりやすく、スタッフとの認識の違いからトラブルが発生するおそれがあります。

労働基準法では常時10人以上の従業員を雇用する事業場に対して就業規則の作成・届出を義務付けていますが、10人未満のクリニックでも就業規則を作成し、労働条件を明確にしておくとよいでしょう。

※参考:厚生労働省|就業規則

年次有給休暇を適切に管理・消化できていない

クリニックには専門職を持ったスタッフが多く、年次有給休暇を取得しづらい雰囲気が生まれることがあります。

しかし、年5日の年次有給休暇取得義務の対象となるスタッフに対しては、適切な有給休暇の取得・管理を行わなければなりません。有給休暇の未取得は法令違反につながるだけでなく、スタッフの不満の蓄積による離職リスクも高まるため、計画的な取得を促しましょう。

※参考:労働基準法 第三十九条|e-GOV法令検索

始業・終業前後に発生する作業を労働時間に含めていない

診療開始前の院内清掃・医療機器の準備・カルテの確認・終業後の片付けや締め作業など、業務命令の下で行われる作業は原則として労働時間に該当します。

しかし、これらの作業を勤務時間外として扱っているクリニックも少なくありません。日常的にサービス残業が発生すると、残業代の未払いや労務トラブルの原因となるため、適切な勤怠管理を行うことが大切です。

診療時間外の労働や残業を勤怠に反映していない

クリニックの診療時間終了後も、診療時間内に完了しなかった患者への対応・カルテ入力・電話対応などで業務が続くケースは珍しくありません。このとき、診療時間のみを勤務時間として管理していると、実際の労働時間との差が生じます。

実労働時間を正確に記録せずに残業代を支払わない状態が続くと労働基準法違反につながるため、診療時間外に発生した業務も含めて適切に勤怠を管理しましょう。

※参考:厚生労働省|しっかりマスター 割増賃金編

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業務時間外の研修会・勉強会を残業代に含めていない

クリニックでは、医療技術の刷新を目的とし、診療終了後や休診日に研修会や勉強会を実施することがあります。参加が自由であれば労働時間に該当しない場合もありますが、院長や管理職から参加を義務付けられている場合や、不参加によって人事評価へ影響する場合は、原則として労働時間として取り扱う必要があります。

残業代の支払いや休日出勤を適切に管理するため、研修の実施目的や参加条件を明確にし、労働時間に該当するかを判断することが重要です。

スタッフの休職・退職による人員不足が起こる

クリニックは少人数で運営されることが多く、1人のスタッフが休職・退職しただけで診療体制へ大きな影響が及ぶ可能性があります。残ったスタッフへ業務が集中すると長時間労働や有給休暇の取得制限につながり、さらに退職者が増える悪循環に陥るケースも考えられます。

特に専門資格を持つ職種は採用が難しく、後任が決まるまで長期間にわたって人員不足が続くケースも少なくありません。日頃から雇用人数に余裕を持たせるとともに、マニュアルの整備などによって、急な欠員が発生しても業務を継続できる体制を整えることが求められます。

職種の違いによるハラスメントや院長との対立が発生する

クリニックには医師・看護師・医療事務などさまざまな職種が在籍しており、それぞれ業務内容や立場が異なります。そのため、役割分担や指示系統が曖昧なままだと、職種間の対立やコミュニケーション不足が生じやすくなります。

また、院長とスタッフの認識の違いから、パワーハラスメントをはじめとしたトラブルへ発展するかもしれません。相談窓口の設置・定期的な面談・ハラスメント防止研修などの対策を講じ、安心して働ける職場環境を整備することが求められます。

クリニックでの労務管理でトラブルが起こるおもな原因

クリニックでの労務管理でトラブルが起こるおもな原因

クリニックで起こる人事・労務トラブルの多くは、クリニック特有の勤務体制や組織体制が原因といえます。ここでは、特にトラブルが発生しやすい状況を解説します。

労務管理の知識を持ったスタッフがいない

小規模なクリニックでは、院長や医療事務スタッフが本来業務と並行して労務管理を担当することが多く、専門知識を持つ担当者がいないケースが珍しくありません。

その結果、労務業務よりも本来の業務が優先されたり、専門的な知見を持たないスタッフのみで対応することで、有給休暇や残業代の計算を誤ったりする可能性が高まります。

打刻や勤怠管理がシステム化されていない

タイムカードや手書きの出勤簿で勤怠を管理しているクリニックでは、打刻漏れ・集計ミス・残業時間の記録漏れなどのヒューマンエラーが発生しやすくなります。さらに、診療終了後の片付けや準備時間などを正確に把握できず、実際の労働時間との差が生じることも考えられます。

勤怠データの修正履歴が残らない運用では、労務トラブル発生時に客観的な証拠を提示できない可能性があるため特に注意が必要です。

職種によって雇用形態や勤務時間が異なる

クリニックでは、医師・看護師・医療事務・臨床検査技師などの職種ごとに勤務体系が異なるほか、正社員・パート・アルバイト・時短勤務など複数の雇用形態が混在することが珍しくありません。そのため、勤務時間・休憩時間・残業代・有給休暇を一律に管理することが難しく、運用ミスが起こりやすくなります。

専門職の代替要員がいない

クリニックでは資格を持つ専門職のスタッフが少人数で業務を担当しているケースが多く、1人でも欠員が出ると診療や検査へ大きな影響を及ぼす可能性があります。

急な欠勤や退職の際に代替要員を十分に確保できない状況では、残ったスタッフの残業や休日出勤が増加しやすく、長時間労働や心身の負担による労務トラブルへ発展しやすくなるでしょう。

クリニックでの労務トラブルを予防・改善するための対応方法

人事・労務に関するトラブルは、就業規則や院内の勤怠管理体制を見直すことで未然に防げるケースが多くあります。ここからは、スタッフが安心して働ける環境を整備するために効果的な施策を紹介します。

就業規則を作成・掲示する

就業規則は、所定労働時間・休暇・残業・服務規律・懲戒・退職など、職場で守るべきルールを定める重要な規則です。常時10人以上の従業員を雇用するクリニックでは作成・届出が義務付けられていますが、10人未満のクリニックでも用意しておくことが望ましいでしょう。

また、作成するだけではなく、スタッフがいつでも確認できる場所への掲示や周知も行わなければなりません。

労務管理に関する教育や専門スタッフの雇用を行う

クリニックとして法令を遵守するためには、管理者向けの労務研修を実施したり、人事・労務の知識を持つスタッフを配置したりすることが効果的です。

規模によっては、社会保険労務士へ顧問契約を依頼し、就業規則の整備・労務相談などをサポートしてもらう方法もあります。専門知識を持った人材を取り入れ、クリニック全体の労務管理レベルを向上させましょう。

勤怠や有給休暇・残業の管理を仕組み化する

担当者やスタッフ個人の裁量や自己判断に頼った勤怠管理方法では、勤怠や有給休暇の管理ミスが起こりやすくなります。そのため、残業や有給休暇の申請フロー、始業前後の業務の取り扱いなどを明文化し、ルールに基づいて運用できる仕組みを構築することが重要です。

また、法令を遵守するために、有給休暇の取得状況や時間外労働時間を定期的に確認する仕組みを設けることも効果的です。

勤怠管理システムを導入する

勤怠管理システムを導入すれば、出退勤時刻・残業時間・有給休暇の取得状況などの勤怠情報を自動で記録・集計できるため、手作業による集計ミスや記録漏れを防止できます。

クリニックでは診療前の準備や診療後の片付けなどの勤務時間が変動しやすい作業が多く、システムを活用することで実際の労働時間を客観的に把握することにもつながります。また、給与計算ソフトと連携できるシステムであれば、残業代や有給休暇の計算も効率化可能です。

関連記事:勤怠管理システムのおすすめ26選|導入メリットや選び方を解説

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ハラスメント対策や通報窓口の設置を行う

クリニックでは、院長とスタッフをはじめとした職種間の上下関係が固定化しやすく、パワーハラスメントやセクシュアルハラスメントなどの問題が表面化しにくい傾向があります。

クリニック内で安心して働ける環境を作るためにも、ハラスメント防止方針を就業規則へ明記するとともに、相談窓口や外部相談機関を設置することが望まれます。また、管理職向けの研修や定期的な啓発活動も効果的です。

スタッフとのコミュニケーションの機会を増やす

労務トラブルの多くは、普段の業務で生まれた小さな不満や認識の違いを放置した結果として発生します。そのため、日頃からスタッフとコミュニケーションを取り、意見や悩みを共有できる環境を作ることが大切です。

定期的な個別面談やミーティングを実施し、勤務時間や業務量などについて率直に話し合う機会を設けることで、問題を早期に把握しやすくなるでしょう。

まとめ

クリニックの労務管理では、勤怠管理・有給休暇の運用・残業時間管理など、基本的なルールを適切に運用することが重要です。勤怠管理システムを導入しながら法令に沿った労務管理体制を構築し、スタッフが安心して長く働ける職場を整備しましょう。

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この記事の執筆者
株式会社デジジャパン「タッチオンタイム」コラムチーム
受賞歴:
「ITreview Grid Award 2026 Spring」勤怠管理システム部門 最高位「Leader」
「ITreview The Best Software in Japan 2026」TOP100ランクイン
「BOXIL SaaS AWARD Spring 2025」勤怠管理システム部門
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